Khoa Vi sinh là một khoa cận lâm sàng thuộc Bệnh viện Bạch Mai, với chức năng thực hiện các xét nghiệm chẩn đoán trong lĩnh vực vi sinh y học như: Virus - miễn dịch; Sinh học phân tử; Vi khuẩn; Ký sinh trùng; Vi nấm… cho bệnh nhân đến khám - điều trị tại Bệnh viện Bạch Mai và các bệnh viện khác thuộc khu vực Hà Nội và các tỉnh thành trên cả nước.
Trải qua hơn 15 năm tái thành lập và phát triển, đến nay Khoa Vi sinh đã thực sự lớn mạnh với gần 50 cán bộ viên chức, bao gồm các bác sỹ và kỹ thuật viên với trình độ chuyên môn cao, có tay nghề vững vàng. Nhiều cán bộ đã được đào tạo nâng cao trình độ trong và ngoài nước, có học vị Tiến sỹ, Thạc sỹ…, với học hàm Giáo sư, Phó Giáo sư...
Mặc dù vậy, toàn thể cán bộ nhân viên Khoa luôn ý thức rằng: cần nỗ lực hơn nữa để hoàn thiện bản thân và phục vụ người bệnh tốt hơn; đáp ứng tốt yêu cầu nhiệm vụ Lãnh đạo Bệnh viện giao phó...